Struktur organisasi di lingkup PT. Inhutani I dibuat simple namun mampu mengakomodir dinamika perusahaan sehingga manajemen dapat mengelola perusahaan secara optimal.

Kantor Direksi dibagi menjadi 3 Direktorat dan masing-masing dikepalai oleh Direktur. Masing-masing Direktorat membawahi 2 Biro, dimana setiap Biro membawahi Staf khusus (I, Ib, II, dan III) sesuai dengan bidang fungsional pekerjaan. Direktur Utama bersama jajaran direksi bertanggungjawab atas jalannya perusahaan. Sedangkan Kepala Satuan Pengawas Interen (SPI) bertanggungjawab kepada Direktur Utama.

Pembagian Direktorat adalah sebagai berikut:

Direktur Produksi membawahi:

• Kepala Biro Produksi
• Kepala Biro Pembinaan Hutan

Direktur Pengembangan membawahi:

• Kepala Biro Perencanaan
• Kepala Biro Usaha Patungan

Direktur Keuangan membawahi:

• Kepala Biro Umum dan SDM
• Kepala Biro Keuangan

Kantor Pusat PT Inhutani I terletak di Jakarta, sementara itu di Samarinda, sebagai pusat pemerintahan Provinsi Kalimantan Timur terdapat Kantor perwakilan Direksi.

Wilayah kerja dibagi dalam 3 Unit Manajemen yang masing-masing dikepalai oleh Kepala Unit, yang berada di tingkat Provinsi, dan Manajemen Operasional di tingkat Kabupaten. Sedangkan Manajer mengepalai Unit Izin Usaha Pemanfaatan Hasil Hutan Kayu.